История ранних времен Аруначал-Прадеша не до конца изучена. Регион упоминается в трактатах Калика Пурана и Махамбхарата.
Записанная история этой земли начинается в хрониках Ахома и Сутия. Северо-западные районы современного Аруначала были под контролем королевства Моньюл, которое процветало между 500 годом до н.э и 600 годом н.э. Затем регион перешел под слабый контроль Тибета и Бутана, особенно северные части. Остальные части штата, преимущественно граничащие сейчас с Мьянмой, контролировались королями Сутья до 16 века. Царство Ахом держало под своим контролем всю территорию Ассама вплоть до прихода англичан в 1858 году. Однако на практике большинство аруначальских племен оставались автономными вплоть до получения Индии независимости в 1947 году.
В 1913-1914 годах представители Китая, Тибета и Британии проводили в Индии переговоры о необходимости создания границы между Тибетом и британской Индией. В результате была намечена линия Мак-Магона длиной 890 км, которая пролегает вдоль Гималаев: от Бутана на Западе до точки в 260 км южнее большого поворота Брахмапутры на востоке. Эта линия разграничения была одобрена тибетскими и британскими представителями, однако китайская сторона отказалась её признавать.
В 1937 году была опубликована Шимлская конвенция, в которой говорилось об использовании линии Мак-Магона на официальных картах. Индия и правительство Далай-Ламы в изгнании признает линию Маг-Магона как государственную границу. Китай официально не признает Шимлскую конвенцию и на китайских картах территории к югу от линии отмечены как Южный Тибет.
В 1944 году британская Индия объявила об административном управлением Тавангом, но в 1947 году, после получения Индией независимости, Тибет потребовал свой контроль над Тавангом, который тогда входил в штат Ассам. В 1950 году после образования КНР Индия официально заявила о том, что линия Мак-Магона является действующей границей с Китаем и потребовала от Тибета покинуть территорию Таванга.
В 1962 году произошла Китайско-индийская приграничная война, в результате которой китайцы на какое-то время заняли спорный участок на севере Аруначал-Прадеша около 700 км длиной. Когда война была приостановлена индийское правительство образовало на спорных участках отдельную Союзную территорию Аруначал-Прадеш, который 1986 году стал отдельным штатом.
Однако Китай и в настоящее время считает большую часть штата своей территорией из-за размытых договоренностей британской Индии и Тибета. Таким образом, штат находится в центре территориального спора между Индией и Китаем с начала 20 века, где до сих пор происходят локальные противостояния и приграничные столкновения.