Как человек, проживший на тех островах полтора года, советую добраться до Киото, а затем просто колесить вокруг на велосипеде (в Киото легко купить хороший подержанный велик) или местном транспорте, останавливаясь в небольших семейных отелях ("миншуку" по-местному). Район к югу от Киото особенно богат седой историей
Перемещаться в Японии на большие расстояния достаточно дорого, но есть исключения - в дни студенческих каникул любой человек может купить недорогой билет, действующий на все местные поезда:
http://community.livejournal.com/faq_da_japan/16757.html
Ещё не так просто самому получить визу - здесь я не знаю, что посоветовать. Наверное, проще всего найти какую-нибудь подходящую программу вроде культурного обмена