Все очень просто.
Хуалампонг - ж/д вокзал Бангкока. Суратхани - юг Таиланда. Точка, из которой добираются на прилежащие острова как на востоке, так и на западе (в том числе Самуи и Фанган). Джетти - пристань. Ферри - лодка (или, если строже, паром).
Цены и расписание - на http://www.railway.co.th/English/Time_HTML.asp и http://www.thairailwayticket.com/Default.aspx?language=1. Бронирование - по второй ссылке.
Отель на Самуи - не зная Ваших требований трудно сказать. Думаю, что летом - поскольку это несезон - на Самуи можно обойтись без бронирования.
И потом - что Вы оправдываетесь про Самуи? Это Ваш выбор. Свои резоны могу пояснить, никоим образом Вам их не навязывая. Я бы такой вариант даже не рассматривал. По трем причинам:
1. Принципиальной разницы между Гили с Бали и Самуи нет. И то, и другое - пляжная расслабуха. Первые даже лучше, ибо на Бали есть вулканы, озера, какие-никакие древности, снорклинг, дайвинг и т.д. На Самуи этого либо нет, либо в крайне куцем виде.
2. Логистика. Не люблю возвращения. Маршрут Денпасар-Бангкок-Самуи-Бангкок именно по этой причине мне не нравится. Туда-сюда, туда-сюда. Лучше даже Денпасар-Куала Лумпур-Суратхани-Самуи-Бангкок.
3. Несезон. Чисто формально на восточной стороне, где Ламаи и Чавенг, не совсем несезон, но это ерунда. Островок-то с гулькин нос, и накрывать все равно будет. С этой точки зрения я бы предпочел Борнео, который, как известно, на несколько порядков больше. Скажем, ту же восточную часть - то есть Сабах. Треки на гору, снорклинг-дайвинг (Сипадан и Семпорна, скажем), рафтинг, питомники-заповедники, черепахи, орангутаны, племена и т.д. Плюс вообще другая страна. Да и лететь туда-сюда через Бангкок не надо. Оптимум "ЭйрЭйшей" Денпасар-Джакарта-КК-КЛ-Бангкок.
Ваш критерий "не были" не внушает мне много доверия. Под такую логику можно столько всего подверстать - вплоть до Вануату и т.п. Тогеан.