Очень удобный способ - это сесть на поезд Sharq Express, идет из Ташкента в Бухару с минимумом остановок, сидячий. Так же есть варианты с shared taxi (спросите у Iolanta тут, на форуме, где тусуются нексии (марка машины) на Бухару)
Мне, к примеру, Бухара значительно больше понравилась, чем Самарканд. Очень атмосферный и древний город. Старый центр там вообще сказка.
А насчет Хивы однозначно соглашусь, сплошные декорации)