"Транзит в Дубае
В дубайском аэропорту рейсы Эмирейтс отправляются из Терминала 3, а рейсы flydubai — из Терминала 2. По прибытии рейсом Эмирейтс необходимо подойти к центральной транзитной стойке терминала 3 (она также называется «транзитная стойка "K"»); по прибытии рейсом flydubai нужно подойти к транзитной стойке терминала 2."
http://www.emirates.com/ru/russian/plan_book/connecting_with_flydubai/ important_additional_information.aspx