Я бы поехал Мадураи-Тривандрум (Варкала)-Алеппи (бэквотерс)-Перияр-Кочин (вылет).
Но, если Варкалу оставлять как релакс на конец поездки, вообщем не проблема уехать прям оттуда на поезде в Кочин и улететь. Тогда из Мадурая в Перияр с ночевкой в Кодайканале, Алеппи-Варкала-Кочин.